... Historique de la formation
Au XVIe siècle, Besançon constitue un foyer humaniste de renommée européenne et une pépinière de savants illustres. Une université y existe en 1691, transférée depuis Dole sur l'ordre de Louis XIV. Supprimée pendant la Révolution, elle fonctionne de nouveau en 1809 avec la création de la Faculté des Lettres. Il s'y trouve d'abord une seule chaire d'Histoire ; elle est dédoublée en 1883 en une chaire d'histoire de l'Antiquité et du Moyen Age et en une autre, d'histoire et de géographie des Temps modernes. Léonce Pingaud, coauteur de l'Histoire générale dirigée par E. Lavisse, et Albert Mathiez figurent parmi les « pères fondateurs » de l'enseignement de l'histoire à Besançon, vers 1875-1920.
En 1939, la Faculté des lettres compte 586 étudiants et 15 enseignants. La licence d'histoire s'obtient en trois ans et se compose de quatre certificats (histoire ancienne, histoire du Moyen Age, histoire moderne et géographie). Parmi les grands maîtres de la période se trouvent Edmond Préclin en histoire moderne et Paul Cloché, en histoire de l'Antiquité et du Moyen Age ; ils ont laissé leur nom à des amphithéâtres.
L'enseignement est arrimé au coeur de la cité. Les cours sont dispensés d'abord dans les locaux de l'abbaye Saint-Vincent (fondée avant 1092) puis dans deux immeubles classiques voisins, acquis par l'Université pour accueillir le nombre croissant des étudiants. Des personnalités scientifiques de premier plan (dont Georges Duby et Pierre Lévêque) ont décloisonné les savoirs. La formation ne cesse de s'ouvrir à de nouveaux domaines et de mener enseignement et recherche à l'interface des disciplines.